Сюжет в Beneath The Lighthouse расскажет нам о маленьком мальчике. Его дедушка много лет работает смотрителем маяка в очень опасном месте для судоходства. Постоянно поддерживаемый яркий огонь служит хорошим предупреждением для идущих мимо кораблей. Но однажды свет потух, обеспокоенный за здоровье родственника главный герой поплыл узнать что же случилось. Его встретило пустое здание и люк ведущий в подвал. Обследовав который персонаж обнаруживает скрытый проход ещё ниже, в очень странный и огромный механизм. Несмотря на юный возраст, мальчуган попался храбрый духом и в одиночку отправляется на поиски деда.

Вращая сферы он может открывать доселе заблокированные локации, избегать смертельных ловушек и продвигаться всё дальше, в надежде, что его миссия увенчается успехом.