Действие игры развиваются в секретной лаборатории расположенной на дне океана. Тут в одиночестве обитал эксцентричный учёный, опыты и эксперименты порицались его коллегами. Главной его задачей было создать живое существо обладающее разумом и спустя годы у него это получилось. Но в тоже время создатель пропал при таинственных обстоятельствах, оставив Goo (такое имя получило его детище) скучать и дожидаться его. Герою надоело болтаться в колбе-камере и выбравшись из неё, он отправился в путешествие по комплексу чтобы разыскать следы пропавшего друга. Умение самому выбирать степень упругости поможет преодолеть различные препятствия, справиться с врагами и проникнуть туда, куда обычному человеку ни как не попасть.