Главный герой первой части, решивший вырваться из лап системы и обрести свободу, достигнув нужной точки, где его никто никогда не найдёт... приходит в себя. В капсуле. В помещении указывающим на то, что он никуда не сбежал. Всё это время он был объектом эксперимента, но его жажда освободиться от незримых оков нарушила процесс и позволила пробудиться. Теперь его ждёт новая схватка за свою судьбу и на этот раз всё будет намного серьёзнее. Коридоры научного комплекса напоминают лабиринт напичканный препятствиями, охранными системами и смертельными ловушками. Лазеры, мины и многое другое предназначено для того, чтобы ни один индивид не смог выбраться отсюда живым. Но хорошая подготовка, как и прежде, поможет ему преодолеть трудности, а технические навыки позволяют со временем научиться использовать различные приспособления и амуницию для повышения шансов на успех своей затеи.