События игры Knife Run 2016 происходят во времена Второй Мировой войны, а главный герой — диверсант, попавший неведомыми путями в самое сердце секретного фашистского военного комплекса. Проникнуть то, он проник, но вот беда — по пути он растерял всю взрывчатку, а так же амуницию кроме ножа. Ну и в добавок заблудился в бесконечном лабиринте коридоров. Понимая, что его с минуты на минуту найдут и уничтожат, он решается на отчаянный шаг и бросается бежать вперёд с целью убить как можно больше солдат врага. На его счастье никто просто не подозревает о лазутчике, так что охрана и патрульные беспечно смотрят совершенно в другие стороны.

Собирая звёзды и выполняя задания можно будет приобрести более действенные виды холодного оружия — катаны, разводной ключ, бензопилы и другое.